生物配列の統計－核酸・タンパクから情報を読む(統計科学のフロンティア　9) [全集叢書]

生物配列の統計－核酸・タンパクから情報を読む(統計科学のフロンティア　9) の 商品概要

• 目次

  　編集にあたって
  
  第Ⅰ部　ゲノム進化と変異の解析　岸野洋久
  　1 序：生命科学の雰囲気を垣間見る
  　　1.1 トウモロコシの起源と栽培化
  　　1.2 ゲノムの相同性
  　2 相同性検索
  　　2.1 Needleman Wunschのアルゴリズム
  　　2.2 2段階検出法：FASTP, FASTA
  　　2.3 局所アラインメント検索：BLAST
  　3 連鎖解析
  　　3.1 組換えと連鎖不平衡
  　　3.2 量的形質の連鎖解析
  　　3.3 ヒト疾患遺伝子のマッピング
  　　3.4 連鎖解析の方法論を取り巻くいくつかの最近の流れ
  　4 ゲノム進化の統計モデル
  　　4.1 生物適応・多様化とゲノム進化の諸相
  　　4.2 分子進化の統計モデル
  　　4.3 ゲノムの適応進化を検出する統計モデル
  　5 集団内の多型性の解析
  　　5.1 遺伝的多様度と遺伝子の系譜
  　　5.2 合体時間の尤度解析
  　　5.3 分集団構造の解析
  　関連図書
  
  第Ⅱ部　確率モデルによる配列情報解析　浅井潔
  　1 生物配列
  　　1.1 塩基配列とタンパク質配列
  　　1.2 配列の統計的特徴
  　　1.3 配列のアラインメント
  　　1.4 マルチプルアラインメント
  　　1.5 置換行列
  　2 隠れマルコフモデル
  　　2.1 確率モデル
  　　2.2 隠れマルコフモデル
  　　2.3 隠れマルコフモデルの主要アルゴリズム
  　　2.4 HMMの実装上の問題点
  　3 隠れマルコフモデルによる配列情報解析
  　　3.1 ペアHMMとアラインメント
  　　3.2 プロファイル HMM
  　　3.3 隠れマルコフモデルによる遺伝子発見
  　　3.4 HMMの出力の拡張
  　4 確率文脈自由文法とRNA
  　　4.1 RNAの二次構造
  　　4.2 変形文法と確率文法
  　　4.3 確率文脈自由文法
  　　4.4 RNAの二次構造の推定
  　　4.5 RNAの確率文脈自由文法
  　　4.6 RNA配列のプロファイルSCFG
  　　4.7 高次確率文法とシュードノット
  　5 確率モデル上のカーネル
  　　5.1 カーネル
  　　5.2 確率モデルの周辺化カーネル
  　　5.3 HMMの周辺化カウントカーネル
  　　5.4 確率文脈自由文法の周辺化カウントカーネル
  　　5.5 文法の複雑さとカーネル
  　　5.6 配列の比較と分類
  　参考文献
  
  　索引

• 出版社からのコメント

  ゲノムから進化へ，配列から隠れた構造へ

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