生体高分子結晶のX線構造解析―実践手法と基礎理論 [単行本]

生体高分子結晶のX線構造解析―実践手法と基礎理論 の 商品概要

• 要旨（「BOOK」データベースより）

  結晶学的素養を身につけ、適切に生体高分子の構造解析を進めるための実践的テキスト。第１部で解析法と結果公表手順の概要をまとめたのち、第２部、第３部にて、実際の解析手順に沿って、実践に即する技術とその理論的背景や必要性、注意点などを解説。

• 目次

  第I部　概　論
  
  1　生体高分子の世界を覗く
  1.1　物体（存在）を見る可視化の原理
  1.2　結晶学の歴史的背景
  1.3　X線構造解析の実際の流れ
  1.4　最後の構造モデルの精密化
  1.5　結果の評価
  
  2　構造解析の結果の公表
  2.1　Tableの見方と書き方
  
  第II部　回折実験
  
  3　生体高分子の調製
  3.1　タンパク質
  3.2　核　酸
  
  4　生体高分子の結晶化
  4.1　結晶化の心得
  4.2　結晶化の基本原理
  4.3　結晶化の手法
  4.4　結晶化条件
  4.5　結晶の観察
  4.6　リガンドの導入
  4.7　重原子の導入
  4.8　結晶試料の取り出し
  
  5　結晶の対称性
  5.1　単位胞の幾何学
  5.2　対称性と対称操作
  
  6　X線の散乱と回折
  6.1　X線の発生
  6.2　X線と物質の相互作用
  6.3　回折強度
  
  7　回折データの収集とコンピュータ処理
  7.1　回折波の測定
  7.2　異常分散効果の利用
  7.3　回折実験1（データ収集の諸条件を決めるための試し撮り）
  7.4　結晶試料の良否の判定
  7.5　回折実験2（フレームによる回折強度データの収集）
  7.6　データ処理1（回折像のコンピュータ処理）
  7.7　データ処理2（結晶学的データの決定と独立データセットの作成）
  7.8　回折強度データの評価
  
  第III部　構造解析
  
  8　構造因子の特性
  8.1　構造因子の性質
  8.2　構造因子の統計分布
  8.3　双晶と偽対称の特徴
  
  9　位相問題の解決
  9.1　パターソン関数
  9.2　同形置換法（SIR法とMIR法）
  9.3　異常分散効果
  9.4　分子置換法
  9.5　直接法
  9.6　得られた位相や構造の確度と評価
  
  10　構造モデルの構築と位相の改良
  10.1　実空間における位相の改良
  10.2　その他のマップ
  10.3　分子置換法で得た位相の改良
  10.4　逆空間における位相の改良
  10.5　逆空間における剛体近似モデルの最適化問題
  10.6　電子密度マップの修正による位相の改良
  10.7　構造モデル構築の注意点
  10.8　構造の乱れ
  
  11　構造の精密化
  11.1　逆空間の利点
  11.2　最小二乗（LS）法による原子パラメータの精密化の詳細
  11.3　パラメータの標準偏差の算出
  11.4　共役勾配（CG）法による極値の検索
  11.5　R因子による精密化の評価
  11.6　結晶格子モデルのパラメータ
  11.7　測定データ数とパラメータ数
  11.8　精密化における問題点
  11.9　化学構造パラメータの導入
  11.10　最尤推定法の導入
  
  12　最尤推定法と結晶解析
  12.1　データ解析の基礎
  12.2　尤度とベイズ推定
  12.3　構造因子の確率分布―ライス分布とウールフソン分布
  12.4　原子座標と構造因子の最適化問題
  12.5　ベイズ推定法の概念
  12.6　尤度に慣れる
  
  13　解析結果の検証
  13.1　原子パラメータの確認
  13.2　オミットマップによる残基や原子の確認
  13.3　温度因子の値が大きい部分のSimのオミットマップによる判定
  13.4　分子パラメータによる検証
  
  14　データベース登録
  14.1　タンパク質構造データバンク（PDB）
  14.2　原子座標ファイルの記載形式
  14.3　PDB形式の統合
  14.4　構造因子データファイル
  14.5　ファイルの検証
  14.6　検証項目
  14.7　PDBエントリーの公開規則
  
  15　構造解析用プログラム
  15.1　解析用プログラムの現状（2020年）
  
  16　今後の展望
  16.1　XFELの利用
  16.2　シリアル測定とモンテカルロ積分
  16.3　X線結晶構造解析の適用例
  16.4　今後の展開

• 出版社からのコメント

  生体高分子のX線構造解析を進めるうえで必要な技術や理論を詳説。構造解析を「正しく」進めたい大学院生・研究者必読の一冊。

• 内容紹介

  　近年の線源および測定装置の超高度化，解析ソフトウェアの進歩によって，生体高分子の詳細な構造決定や，分子の動的挙動の追跡が可能になった．一方で処理のブラックボックス化が進み，得られた値の意味を十分理解しないまま解析を進めるケースも散見される．
  
  　本書は，読者が結晶学的素養を身に着け，適切に生体高分子の構造解析を進めるための実践的テキストである．第I部で解析法と結果公表手順の概要をまとめたのち，第II部，第III部にて，実際の解析手順に沿って，実践に即する技術とその理論的背景や必要性，注意点などを解説．本書を活用しながら解析を進めることで，それぞれの原理を正しく理解し，解析結果に自信と責任をもつことができる．
  
  　生体高分子を扱う構造生物学ならびに関連分野の学生・研究者必携の一冊．

• 著者紹介（「BOOK著者紹介情報」より）（本データはこの書籍が刊行された当時に掲載されていたものです）

  竹中 章郎(タケナカ アキオ)
  １９７１年関西学院大学大学院理学研究科博士課程修了、理学博士。２００８年東京工業大学大学院生命理工学研究科定年退職、日本結晶学会会長。いわき明星大学薬学部、千葉工業大学工学部を経て、現在日本大学文理学部

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