実験デザインからわかるCRISPRスクリーニング実践テキスト―実験規模の設定から、表現型アッセイの組み立て、遺伝子同定まで、自在にカスタマイズする極意とプロトコール [単行本]

実験デザインからわかるCRISPRスクリーニング実践テキスト―実験規模の設定から、表現型アッセイの組み立て、遺伝子同定まで、自在にカスタマイズする極意とプロトコール の 商品概要

• 目次

  【目次】
  序
  概　論　CRISPRが一新した現代の遺伝子同定
  
  第1章 基本フローと各フローにおける検討ポイント
  1. CRISPRスクリーニングで最も重要な「数」を理解する
  2. ゲノム編集手法～種類と選び方
  3. Cas9 発現マテリアルの準備
  4. gRNAライブラリ：既製品と自作
  5. 変異細胞ライブラリの作製
  6. 表現型アッセイ
  7. NGSサンプル調製とシークエンス
  8. 統計解析によるヒット遺伝子の同定
  
  第2章 実践 基本プロトコール
  1. レンチウイルスの基本操作―ウイルス作製と細胞への感染
  2. Cas9レポーターアッセイ
  3. gRNAライブラリの複製
  4. フォーカスライブラリ自作と既存ライブラリ載せ替え
  5. 変異細胞ライブラリの作製とFitnessスクリーニング
  6. 選択圧によるスクリーニング
  7. ソーターを使ったスクリーニング
  8. NGSライブラリ作製
  9. MAGeCKを用いたgRNAカウントデータの解析
  
  第3章 実践 応⽤プロトコール
  1. 抗がん剤耐性・感受性因子の探索
  2. ウイルスの増殖にかかわる宿主遺伝子の探索
  3. がん免疫療法抵抗性にかかわる遺伝子の探索
  4. ATAC-seeによるクロマチン・アクセシビリティ制御因子の探索
  5. O-ClickFCを用いた脂質表現型スクリーニング
  6. in vivoスクリーニングによる腫瘍免疫抑制因子の探索
  7. 精子機能を標的とするin vivo sgRNAライブラリスクリーニングの方法論
  
  第4章 発展的な活⽤事例
  1. スキャニングとしての利用：タンパク質機能ドメインの解析
  2. 遺伝子間の機能的相互作用を狙ったCRISPRスクリーニング
  3. アレイ型CRISPRスクリーニング
  4. DepMapデータを用いたがん治療標的因子の探索
  5. シングルセル解析とCRISPRスクリーニングの融合
  
  索引

• 出版社からのコメント

  遺伝子探索の画期的手法を，基礎から実際のプロトコールまで解説

• 内容紹介

  遺伝子探索の画期的手法として注目されるCRISPRスクリーニングを解説した，本邦初の実験書．基本フローと考え方のポイントから実際のプロトコールまで丁寧に解説され，開発者ならではのノウハウも満載です．

• 著者紹介（「BOOK著者紹介情報」より）（本データはこの書籍が刊行された当時に掲載されていたものです）

  遊佐 宏介(ユサ コウスケ)
  ２００５年、大阪大学大学院医学系研究科博士課程修了。博士（医学）。’０７～’１２年英国ウェルカムサンガー研究所研究員、’１２～’１８年同グループリーダー。’１８年から京都大学ウイルス・再生医科学研究所（現・医生物学研究所）教授。大学院時代のマウスＥＳ細胞でのゲノム改変をきっかけに長年遺伝学ツールの開発に従事、’１２年独立した年にＣＲＩＳＰＲに出会い、哺乳類細胞におけるスクリーニング法を確立させた。共同研究を通してさまざまなプロジェクトに関わりながら、がんと多能性幹細胞分野での応用研究に注力している
  
  樽本 雄介(タルモト ユウスケ)
  ２０１３年、京都大学大学院にて博士号取得（生命科学）。同大学院生命科学研究科助教（’０９～’１５年）、コールドスプリングハーバー研究所博士研究員（’１５～’１９年）、京都大学ウイルス・再生医科学研究所助教（’１９～’２２年）を経て、’２２年から京都大学医生物学研究所助教。研究対象を酵母、がん細胞、多能性幹細胞と拡げつつ、遺伝学的スクリーニングを軸にさまざまな生命現象に関わる因子の探索と機能解明を目指している。最近はシングルセルＣＲＩＳＰＲの解析が興味の中心

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